Desde la Oficina Nacional se impulsa el desarrollo de los centros educativos y se acompaña a sus equipos y comisiones directivas; se promueve la creación e implementación de programas educativos y formaciones y se coordina y consolida la administración general y el desarrollo de recursos de la Asociación Civil Fe y Alegría. La Oficina Nacional es el vínculo con la Federación Internacional de Fe y Alegría.
El equipo nacional está integrado por nueve personas en las áreas de dirección general, administración, desarrollo institucional, proyectos, educación, pastoral y direcciones regionales.
Por su parte las comisiones directivas honorarias están integradas por personas que generosamente dedican su tiempo, conocimientos y experiencia a apoyar la gestión de los centros educativos. Entre sus responsabilidades está velar por la administración de los recursos, acompañar a los equipos educativos, gestionar las mejoras de infraestructura y equipamiento, entre otras.
